Boa tarde,
Ainda que possa ser somente algum erro no sistema de arquivos (considerando que o PC da onde se faz a copia não tenha nenhum malware que possa estar ocasionando este problema), pode ser problema no próprio HD.
Para corrigir um problema no sistema de arquivos, é simples, abra um "Prompt de comando", e digite "chkdsk X: /f", onde X: é a letra da unidade que quer reparar. A opção "/f" informará que é para o comando reparar os erros que encontrar. Esse comando pode, inclusive, ser utilizado no mesmo HD onde o Windows está rodando, por exemplo "chkdsk c: /f", no entanto, como a unidade está em uso, ele vai agendar uma verificação para a próxima vez que o computador for reinicializado. Essa verificação é a mesma que acontece quando você desliga o computador inesperadamente (falta de luz, puxar da tomada...).
Porém, tem alguns HDs que apesar de não apresentar nenhum erro de leitura (ele por exemplo vai passar como ok num teste "chkdsk X: /r", ou no HD Tune, ou outra ferramente que faz teste de leitura), ele vai apresentar erros de gravação (ele vai falhar por exemplo, num procedimento de Zero Fill). Pode acontecer de por exemplo, você formatar o HD, e do nada, ao reiniciar o computador o sistema que estava volta, no entando nem sempre volta completo, mas sim todo falhado, pois alguns diretórios ele consegue limpar a tabela corretamente, outros não (visto que as tabelas de arquivos de cada diretório são gravadas em locais específicos de cada diretório no HD). Nestes caos não sei dizer ao certo se o problema é no disco mágnetico, na placa lógica, no firmware ou na falta de carinho. Só sei que o HD não funciona mais direito em alguns casos.