Como sou meio paranoico com backup, faço o seguinte:
Favoritos: Exporto do Chrome,IE,Firefox,Opera
Arquivos soltos: Perfil do Usuário, Disco C, Disco D, algumas pastas do Arquivos de programas
Senhas: Discador, Outlook, Thunderbird, Wifi
Em txt: Nome do computador, IP, Compartilhamentos,Lista de aplicativos(CCleaner gera uma),proxy se tiver
Screenshot: Impressoras, Desktop e alguma configuração a mais que precise
Copia do disco completo: Boot com AOMEI Backupper 1.6 quando ainda era free pra uso comercial(melhor programa pra backup que achei) no HD externo
Quando tem alguma coisa muito importante(banco de dados de servidor) copio a copia do hd externo pro pc tbm, pra diminuir o risco de derrubar ela e argh!