Ao copiar do Ubuntu de volta para um HD onde esteja instalado o windows 8 / 8.1 / 10, não se esqueça de desabilitar a inicialização rápida, já tive muitos problemas com isso até fixar na cabeça.
Vá até o Painel de Controle\Hardware e Sons\Opções de Energia\Configurações do sistema, clique no texto em azul "Alterar configurações não disponíveis no momento" e no fim da página você verá quatro caixas de checagem, a primeira delas é "Ligar inicialização rápida (recomendado)". Desabilite o recurso, coloque de volta seu backup e depois reative.
Nas vezes que copiei arquivos para o hd do cliente com esse recurso ativo eles simplesmente não apareciam lá.