Naldo Porto, , isso acontece aqui comigo também. Se colocar um HD com Windows 10 em um PC com Windows 7, tudo que copiar neste HD não aparece quando colocado de volta ao PC/NOTE com o Windows 10 instalado.
A solução que uso é HD externo, ou via REDE ( entro no Windows 10 e acesso o Backup do PC em rede com Windows 7 ) , assim consigo copiar corretamente os arquivos.
Creio que seja algo relacionado ao sistema de arquivos que são diferentes entre as 2 versões do Windows, visto que o Windows 10 é mais CHATO em relação à segurança, exigindo sempre que se copie algo nas pastas raiz com permissão de administrador!
Outra ideia que não testei seria ao formatar Windows 10 só criar a primeira partição ( deixando espaço, meio a meio por exemplo, para a segunda partição ) e depois, colocar o HD no pc com Windows 7 e CRIAR a segunda partição neste pc com Windows 7 e copiar os arquivos para esta partição recém criada. Não me lembro se já fiz este teste, mas é uma opção que creio que irá funcionar!