Eu não entendi muito bem sua dúvida. Mas semestre passado também tive que desenvolver um PCI, não foi muito complexo, mas eu também estava bem perdido. Mas daí utilizei o Kicad como software de desenvolvimento do PCB e a fabricação da placa eu encomendei, apesar de poder ser feita em casa, se você for fazer poucas tipo de uma a 3 não compensa, tem uma galera que faz caseira pra ti com um preço bacana inclusive dual layer. A solda não é muito complicada, nas primeiras vezes podem parecer difíceis, mas depois flui legal.