Você chegou a medir a PL501 e PL503? Se você medir e der 1,8v e 1,5v, respectivamente, o problema está fora dessa linha, além dos jumpers. Se não der nada, tensão nenhuma, você pode trocar os capacitores de filtragem, os mosfets, e até o pwm. Eu não tenho 100% de certeza, mas os pulsos de susp# e syson não são baixos assim. Aproveita q agora a maquina permanece um pouco mais tempo ligada e meça novamente os terminais 8 e 23 do PU501. Também não tenho certeza sobre o pulso no terminal 16 desse mesmo pwm. Sei que o correto é 5v, mas ele deveria permanecer com 5v, mesmo depois do start.
Lembrando q o super I/O manda um sinal de susp# para o pwm de 1,05vs. Se como vc disse, a PL402 tem o pulso correto, então o super I/O está fazendo seu papel.
A solução ou pelo menos encontrar o defeito está próximo!