Bom, atualizando o tópico e ainda pedindo ajuda.
Consegui consertar o jack das USB. Depois de apanhar um bocado achei uma bobina aberta que enviava o data + / - pra porta. Troquei e funcionou beleza.
Porém ainda estou com problemas na porta eSATA / USB. Ela tem a tensão de 5v. Porém, onde seria o Data +/- está saindo 3.3v (enquanto que nas outras USB's é de 1.2 aproximadamente).
Se eu coloco o celular carrega normalmente. Porém, quando eu coloco um dispositivo que "troca" informação com o sistema, como um mouse ou um pen drive, nada funciona. O mouse no caso acende o infra e apaga quase que instantaneamente, como se cortasse a tensão.
Tenho apanhado do esquema e não descobri nada até o momento. Depois de resolver o problema das USB 3.0, deixei de acreditar que o problema era o PCH. Se alguém tiver alguma ideia, fico agradecido.