Parece que agora foi , está em testes a um bom tempo sem problema, o que fiz:
Trocado PC343 conforme @Jakers Binder indicou.
Dessa vez, além de PQ87 e PQ88 troquei também PQ90 e PQ92, esses últimos são da outra fase, que poderia estar alterada, fazendo PQ87 e PQ88 trabalharem no limite pra compensar.
Verificando com o osciloscópio, as formas de onda e largura dos pulsos agora estão bem parecidas nas duas fases.
Por desencargo da consciência troquei também o processador por outro igual que tinha por aqui.
Caso venha a complicar de novo, vou partir para o PWM PU27, conforme indicação dos colegas @Lekiam e @FLAVIOTECH.
Por hora obrigado a todos que ajudaram nessa empreitada.