Olá,
Deixe o HD com windows ativo, como Primary Slave, ou Secundary Slave, o outro HD deverá ser Primary Master ou Secundary Master no BIOS, bem, com isso é só definir o boot no DVD/CD ou PenDrive, com o instalador do Linux, esperar que o Linux carregue o instalador e seguir as instruções, tomando cuidado para não ser um particionamento destrutivo, assim, o instalador irá instalar o Linux no HD Slave, sem ser necessário grandes intervenções ou grande conhecimento técnico, e você terá no final da instalação o Dual Boot: Windows e Linux gerenciado pelo gerente de boot do Linux.
É isso, boa sorte!! :-)
ATT
Kaléo Vontec