Olá pessoal. 

Sou novato por aqui, peço a compreensão de todos. 

Tenho uma módulo de baterias de 12v. 

3x 3,7v, aqueles módulos de notebook. 

Minha dúvida é o seguinte. 

Eu consigo comprar ou criar um carregador que possua entrada de 5v e carregue cada módulo individual ? 

@opetulante Acredito que teria que isolar cada célula quando for fazer o carregamento, ja que estarão interligadas e te  daria a tensão total de 11,1V.

Sim eu tenho um total com carga máxima de 12v. 

Eu queria saber se consigo comprar ou criar um carregador, que carregar cada celular individualmente 

Olá @opetulante . Você pode usar um módulo carregador com o TP4056 como o da foto abaixo para carregar as células individualmente.

Esses módulos são baratos e encontrados facilmente no Mercado Livre ou na Shopee. Podem ser alimentados com qualquer fonte de 5V e possuem leds para indicar o carregamento e quando a bateria está carregada.
Tenho um desses para meu uso e para facilitar soldei na saida da bateria fios com garras jacaré.



Como o colega @Rods citou, a bateria a ser carregada deve estar desconectada do módulo BMS da bateria do notebook. É importante também observar a tensão da bateria antes de iniciar a carga pois se ela estiver abaixo da 2,6V o módulo carregador não reconhecerá a mesma e por isso não vai iniciar o carregamento.

O ideal é ter um BMS para fazer fazer o balanceamento das baterias.

Caso não queira fazer o investimento saiba que uma única célula com uma resistência interna muito alta pode danificar todos as outras e dependendo da carga ao qual essas baterias forem submetidas elas podem vazar ou no pior dos casos entrar com combustão.

Se o seu plano é fazer um powerbank (como no meu caso) vc pode estar adquirindo pelo AliExpress um Powerbank DIY. 
Ai vai algumas dicas para balancear:

1. Recarregue todas individualmente e após as coloque juntas para elas equalizarem suas tenções.

2. Se alguma bateria esquentar ou não estiver carregando "não a utilize no pack"!
3. Se durante o uso "descarga" reparar que esta aquecendo é pq tem um alguma bateria com a resistência muito alta. Ela não pode ficar no pack pq pode comprometer todas as outras.

Obs.: Considere tbm adquirir um testador de bateria.