Boa Tarde hom_jr.
Tendo em vista a instalação do linux tendo dois hds tens que ter o conhecimento de que no linux os hds, não são mostrados como C:, D:, e assim por diante e sim como /dev/sda, /dev/sdb.
No seu caso com dois hds, o primeiro, que sera o master na bios, sera o /dev/sda, e o segundo, reconhecido na bios como slave, será o /dev/sdb. Tendo em vista isso, quando for instalar, decida qual vc quer que seja o master, se for o hd sem w8, escolha para instalar o /dev/sda, mas se for o com w8, escolha o /dev/sdb.
Bom, se ja fez sua escolha, na hora da instalação vc tens as escolhas de como proceder, se o hd em que pretende instalar estiver vazio vc pode escolher o particionamento automatico, em que todo o hd será apagado, particionado e formado para o sistema de arquivos utilizado pelo linux, que como padrão atualmente é o ext4.
No final da instalação ele instalara o grub na mbr ou na partição boot, no caso de gpt, tabela de partição do hd.
Assim no momento de inicialização do computador sera mostrada uma tela de escolha que tera as opções ubuntu e windows, para vc escolher qual quer que inicie.