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com disse o amigo ai em cima, e muito valido lembrar, que em quase 100% dos casos, o virus não esta mais somente no pendriver, e sim instalado na maquina, então e necessario remove-lo, ele geralmente se encontram em C:\windows\users\(usuario)\appdata\temp\ (exclua tudo o que estiver dentro da pasta temp), mas atenção faça isso no modo de segurança, e também lembre-se de entrar no ms config, desmarcar qualquer programa suspeito, "geralmente os virus de ocultar arquivos possuem extensão vbs no final do nome", depois fazer isso , e é claro remover também do pendriver, e ´só reiniciar a maquina, e correr pro abraço.