Voce ligou ele direto em 5 volts com a intenção de nao apresentar mais o problema de aquecer certo?
Se for isso sabe que a bateria nao terá mais a mesma autonomia, outra coisa, quando vc liga ele direto o circuito que controla a rotação do cooler nao consegue verificar sua rpm e assim desmarma por segurança, mas o fato de so acontecer com o sistema carregado é estranho, verifica se no setup tem alguma forma de desarmar esse controle, apesar de nao ser normal ter essa opção em setups de notebooks. outra coisa, quando vc entra no setup o processamento é minimo daí nao esquenta e por isso ele nao desarma. então talvez o problema nao seja o fato de entrar no sistema e sim por que quando faz isso o processador esquenta mais. Abraço.