A desfragmentação de disco não terá tanta utilidade nos discos SSD, pois se trata de armazenamento flash, sendo que sua organização de arquivos é de forma dinâmica. Já nos discos comuns, que exige fluxo rotacional, é pouco prudente executar tal funcionalidade com frequência devido aos blocos de gravação de dados. Na tentativa de desfragmentação, dependendo do caso, um bad block pode corromper ou deixar parte de um arquivo inacessível.
Outra observação é que, apesar do Windows ser compatível com vários tipos de drivers de discos, cada vez mais vem aumentando os fabricantes de SSD, tornando necessário que os desenvolvedores façam com que o S.O reconheça alterações de hardware de cada fabricante.