Acredito que não, pois, como em geral ninguém usa estas USBs para outras coisas, este "uso", até acaba salvando um pouco a entrada, pois ela estando em uso, bloqueia a entrada de pó nas entradas.
Mas acredito que pode ser um pouco prejudicial usar um HD mecânico nelas (eu usaria só SSDs), não se se elas aguentam alimentar bem os motores dos HDs.