Sim, no registro.br você configura os servidores master e slave do CloudFlare (Precisa ser os valores passados para você durante a configuração) e por sua vez configura todas as entradas de DNS (CNAME, A, Text, etc) dentro do CloudFlare
Por exemplo, o ip da máquina aonde está o seu site é 123.123.123.123, dentro do CloudFlare você cria um CNAME com o nome www apontando para 123.123.123.123 e um registro A com o valor * também apontando para 123.123.123.123
Repete isso para todas as outras entradas necessárias, outros CNAME's, MX, SPF, etc...