O SPIPGM ainda mostra "JEDEC ID is FFFFFFh" ?
Faz o teste usando o 3.3v da fonte do PC, me recordo de ter o mesmo problema com o meu regulador.
Testando com o 3.3v da fonte (Fio laranja) e funcionando, verifique no Datasheet do regulador GL1117 se ele não é um regulador ajustável.
Hoje eu encontrei uns aqui numa placa mãe que já é pra isso (retirar peça), o regulador L1117LG, fui pesquisar no datasheet e descobri que ele é ajustável, também vi que existem o L1117LG-3.3 (valores finais definindo a tensão de saída, que vão de 2.0v à 5.0v se não me engano). Depois vou pesquisar a aplicação dele pra conseguir os 3.3v corretos pra não depender de ficar tirando alimentação direto da fonte.